Am Drucker scheints nicht zu liegen - ich hab's gerade mal mit FreePDF probiert, da kommt auch nur schwarzer Code raus. Da scheint also das AVRStudio die Farbe zu klauen.

Einfachste Alternative wäre wohl, den Code über den Programmers Notepad (ist ja bei WinAVR dabei) auszudrucken - da kommt auf jeden Fall Farbe raus.

Gruß,
askazo