In die while-Schleife:
if((PINA(1<<PA0)){
TCCR1B|=(1<<CS10)|(1<<CS11); //timer start
}

Und am Anfang der ISR schreibst du:
TCCR1B&=(~(1<<CS10)|(1<<CS11)); // timer stopp

Das ist eine der vielen Möglichkeiten.