In Microcontrollerschaltungen hat man häufig durch Verwendung von hohen Frequenzen (Takt), PWM usw. eine leichte "Verschmutzung" der Betriebsspannung, also leichte, hochfrequente Oberwellen (Rauschen).
Die können sich negativ auf den ADC auswirken, vor allem, wenn man Spannungen im mV-Bereich messen will. Daher hat der ADC einen eigenen Versorgungspin, um ihn hochfrequent gegen die "normale" Betriebsspannung entkoppeln zu können. Normalerweise schaltet man also zwischen Vcc und AVcc einen passiven LC-Tiefpass. Natürlich sollte man dann auch alle OPs und sonstigen Bauteile der analogen Eingangsstufe mit AVcc versorgen.

Wenn man ganz genau sein will, trennt man auch noch den normalen GND und analogen GND (geht nur, wenn man Groundflächen verwendet). Unter dem analogen Schaltungsteil legt man dann AGND, unter den digitalen GND. Am ADC werden die beiden Flächen dann an einer einzigen Stelle verbunden.

Gruß,
askazo