Hallo erstmal.

Grundsätzlich beschaltet man einen Bipolartransistor, indem man den Basisstrom durch einen Vowiderstand begrenzt. Mit Motor und Trafo hast du ziemlich aggressive Bauteile, die direkt über die Basis-Emitter-Strecken von Transistoren an den AVR angeklemmt sind. Aufgrund deren Induktivität kann das den AVR ziemlich stressen bis fetzen. Die Sachen mit R1 und R4 funktionieren auch nicht so ganz, da an MOTOR_VCC und TRAFO1 maximal ca. 4,4 V anliegen können.

Wenn du die Versorgung der Schaltung über +12V und GND(das von Eagle) vornimmst, so liegen D1 und D2 in Reihe. D2 würde ich mir einsparen.

Gruß