Es könnte sein das die Taktquelle verstellt wurde. Durch die Programmierung bei zu niedriger Spannung werdenmanchmal eher unkontrolliert die Fuses verstellt. Deshalb soll AVRdude immer die Fuses nach dem Programmieren noch mal lesen und ggf, wieder herstellen.

Wenn der Takt zu niedrig ist (es gehen irgendwie 128 kHz vom watchdog, mit dem Taktteiler sogar noch weniger) funktioniert die ISP Verbindung nur noch wenn das Programm auch auf so langsame Frequenzen eingestellt ist.
Bei ungünstigen Einstellungen schwingt auch nicht mehr jeder Quarz richtig. Und schließlich könnte ein nicht existierender externer takt eingestellt sein.
Wenn die Schaltung mit quarz läuft ggf. mal den Takt mit den Oszilloskop kontrollieren (XTAL2)
Abhilfe könnte das Einspeisen eines Taktes (1-4 MHz) an den PIN XTAL1 bringen.

Im ungünstigsten Fall kann man per Fuse aber auch die ISP Programmierung ganz abstellen. Dann würde eventuell noch das JTAG interface gehen, oder die HV programmierung.

Wenn nicht andere Stromverbraucher da sind spricht aber der Stromverbrauch eher für einen funktionierenden Takt.