AVRStudio Version 4.13 Build 528
2 Files habe ich noch nicht versucht. Aber als ich aus Versehen mal 2 Files hatte, hat er auch versucht beide zu kompilieren. Dazu müssen beide im Ordner Source Files aufgeführt sein. Wie da rein zu bekommen ist umständlich: Rechte Maustaste auf besagten Ordner im Studio --> "Add existing File" oder "Create..."
Liegts vielleicht daran?
Gruß