Hallo komek,

Du überprüfst in Deiner ISR nicht, ob der Pin low ist, sondern ob er high ist! Daher ist es dem Controller auch 'egal', welchen Pin Du auf low legst, solange RB6 auf high-Pegel liegt wird die Variable erhöht.
Die richtige Bedingung für einen low-Pegel wäre ein if(PORTB & 0x40) == 0).
Zumindest wenn PORTB das Port Register des Ports B ist (was ich nicht weiß, da ich die PICs nicht kenne...

Viele Grüße