Hallo,
um jetzt noch was anderes in den Raum zu werfen, kennst du den Megaload von Microsyl.com? Ist evtl. auch interessant.

Wenn es zu umständlich ist zunächst den Bootloader mit Ponnyprog und dann die eigentliche Firmware zu übertragen, so mach das doch nur ein mal, setzte zunächst keine Lockbits, lade die Firmware über den Bootloader und lies dann z.B. mit Ponnyprog den Controler wieder aus.
Dann hast du deine Firmware und Bootloader in einem File und brauchst dann auch nur ein mal übertragen und kannst auch wieder die Lockbits setzten.