Das mit der Kalibrierung des Quarzes hört sich gut an. Brauche ich dafür aber nicht eigentlich eine möglichst exakte Taktquelle?
Genau so ist es.
Man kann aber auch eine genaue Taktquelle, z.B. den Träger des 77,5kHz Senders von DCF 77 mittels PLL auf die gewünschte Frequenz hochrechnen und diese dann als Referenz zum Abgleichen der Taktquelle verwenden.

Üblicherweise werden auch digitale Telefon (Primärmultiplex-) Anschlüsse mit einer genauen 2048kHz Quelle gespeist.

Im äussersten Notfall kann man auch noch die PAL Frequenz ca. 4,43 MHz oder die Zeilenfrequenz ca. 16KHz aus einem Fernseher während er einen Sender empfängt als Referenz heranziehen.

Das Problem bei allen diesen Methoden ist, das die Aufbereitung der Signale nicht ganz einfach ist.

Eventuell hast Du aber auch Zugriff auf einen sehr genauen kalibrierten Frequenzzähler mit dem Du deine Stoppuhr abgleichen kannst ?

Eine Frage stellt sich sowieso.
Wie genau ist eigentlich deine Start / Stopp Einrichtung ?

Die Teile die ich kenne verwenden dazu Relais als Impulsauslöser und da sind 5...10ms Toleranz mal ganz schnell erreicht.
Ganz zu schweigen von dem Zeitfehler den die Lichtschranken selber erzeugen.

Was ich damit sagen will, was hilft Dir eine Stoppuhr die auf 1/1000 s genau ist, wenn das restliche Zeiterfassungssystem nur 3/100 s Tolerenz hat ?

Ich denke die Sache mit dem kalibrierbaren Quarz sollte für deine Zwecke ausreichend sein. Du musst jetzt nur noch eine passende Referenzfrequenzquelle finden.

Ist die Freuquenztoleranz von Quarzen auf die Dauer gesehen immer gleich, oder pendelt diese bei den Quarzen im Betrieb innerhalb dieser Grenzen?
Die Frequenz driftet Altersbedingt weg. Deshalb werden manche Quarze künstlich gealtert, weil die Drift am Anfang am höchsten ist.
Durch die Temperatur ändert sich die Quarzfrequenz temperaturabhängig.

Die genauen Werte sollten sich aus dem Datenblatt des entsprechenden Quarzes herauslesen lassen.