Die Genauigkeit einer Zeitmessung hängt, wie Du richtig erkannt hast, von der Präzision der Taktquelle ab.
Um hier gute Ergebnisse zu erzielen sollte die Taktquelle an einer geeigneten Referenz abgeglichen werden.
Für den Hobbybereich brauchbare Ergebnisse sollten sich mit einem Quarz erreichen lassen, der mittels Drehkondensator nachstimmbar ist.
Da die Quarzfrequenz auch von der Umgebungstemperatur abhängig ist, kann man sich auch den Einsatz einer Quarzheizung vorstellen, da Du die Schaltung mit Sicherheit im Freien benutzen willst.
Quarze unterliegen auch einer Alterung, die die Frequenz beeinflusst.
Also sollte die Taktquelle von Zeit zu Zeit nachkalibriert werden.
Eine Möglichkeit wäre eventuell auch ein Taktgenerator der mit einem DCF77 oder GPS Signal nachgestimmt wird. Aber das ist auch nicht ganz einfach zu realisieren (Empfangsprobleme, Jitter, Fading ?).
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