Bei einer Überstromabschaltung ist die PWM egal. Du möchtest bei einer Stromüberschreitung abschalten, unabhängig vom Duty Cycle. WIe wäre es, mittels des ADC Komparators die shunt+ Spannung mit einer Referenzspannung (Spannungsteiler?) zu vergleichen? Bei einem Wechsel kannst du dann einen Interrupt auslösen und alles ausschalten.
Ich weiss zwar nicht wie der ADC-Komparator genau funktioniert, ich kann mir aber nicht vorstellen, dass der das Problem der welligen Stromkurve löst.
Wenn die Stromkurve "hüpft" wir der Komperator den Saft vermutlich auch schon bei Stromspitzen abdrehen, die für eine Überlastung des Motortreibers noch nicht ausschlaggebend sind.
Wenn die Schutzschaltung schon beim Einschaltstrom abschaltet ist der Motortreiber zwar effektiv geschützt, die Lösung an sich aber noch nicht ganz befriedigend