Die PWM-Frequenz??? Diese gibst du doch vor, oder woher soll diese sonst kommen?

Bei einer Überstromabschaltung ist die PWM egal. Du möchtest bei einer Stromüberschreitung abschalten, unabhängig vom Duty Cycle. WIe wäre es, mittels des ADC Komparators die shunt+ Spannung mit einer Referenzspannung (Spannungsteiler?) zu vergleichen? Bei einem Wechsel kannst du dann einen Interrupt auslösen und alles ausschalten.