z.B. so:
s = serial('COM3','BaudRate',57600);
s.InputBufferSize=6;
s.OutputBufferSize=1;
s.Timeout=2;
fopen(s);

%%%%%%%Hauptrutine
while 'TRUE'

y = fread(s,6,'uint8');
...

aber grundsätzlich, kannst du immer den help im Matlab nutzen, da ist alles beschrieben: help serial