Die Schaltplansymbole sind nach Funktionseinheiten gezeichnet. Also ganze Ports zusammen, Versorgung zusammen, Takt zusammen etc. Das unterscheidet sich natürlich von der realen Pin-Anordnung, aber es vereinfacht in vielen Fällen das Schaltplanzeichnen (nur nicht in deinem Fall!). Du könntest dir, falls du diese Ansicht besser findest, das Schaltsymbol ändern und die Pins nach realer Anordnung sortieren. Das ist auch gut, wenn man einen Schaltplan erstellt und ihn auf Lochraster aufbauen will. So wie in diesem Plan: https://www.roboternetz.de/wissen/im...ung_mega32.gif
Ansonsten könntest du die Eagel-Funktionen nutzen, die den Plan übersichtlicher machen sollen. Also Leitungen in Busse bündeln (zb ein Bus pro Port), und die Leitungen nicht alle komplett einzeichnen. Leitungen mit demselben Namen sind logisch verbunden, auch wenn sie in der Schaltplananschit unterbrochen dargestellt sind. Dann aber den Namen der leitung an beide Enden schreiben lassen (LABEL).
Dritte Möglichkeit: die Stiftleisten aus mehreren kurzen Leisten kombinieren, zb eine von Pin 23 bis 28, dann 2 bis 6, 11 bis 14 usw.

Ansonsten: du hast viel Platz, nutze ihn weise! Und die linke Leiste einmal spiegeln, damit die Anschlüsse zum AVR hin zeigen.