Hallo,
diese 100n Kondensatoren werden immer so nahe wie möglich an das dafür vorgesehene Bauteil gelegt, so dass die diesen etwas "beschützen", also eine Spannungsschwankung an dieser Stelle schnell auffangen.
C14 ist für die Versorgung des AVR,
C2 wohl für den Spannungsteiler an AREF.
Hier würde ich sowieso nur einen Kondesator an AREF hängen, keine externe Spannung, ausser Du benöitgst eine ungewöhnlichen Wert an der Stelle. 5V kann man aber auch über die Software intern einstellen, und ca. 2.5V gibts intern auch.
Mit den TOSC-Pins kann man den Timer2 mit externem (Systemunabhängigem) Takt, meist 32kHz Uhrenquarz, takten, wenn man das will. Ansonsten sind das ganz normale IO-Pins.
Edit:
Schau Dir mal den Plan zum RN-MiniControl an, da ist AREF anders verkabelt.
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