Bei so niedrigen Frequenzen dürfte wohl die Methode 2 die genaueste und vor allem schnellste sein.
Und du erhältst bei jedem neien Impuls ein Ergebnis.
Bei Methode 1 üblicherweise nur jede Sekunde.
Du darfst halt nur die Teilerfaktoren für den verwendeten Timer bei Methode 2 nicht zu hoch einstellen.
Je höher der Teilerfaktor um so höher der Messfehler.
Allerdings produzieren kleinere Teilerfaktoren mehr Timer-Interrupts.

Ich hab das mal mit einem ATMEGA8 bei 8MHz und einem Teilerfaktor von 8 gemacht.

Erst bei ca. 15000 U/min war deine Methode 1 genauer (60 U/min Sprünge).