normalerweise gehen die Interrupts nicht verloren, zumindest wenn nur ein einziger kommt waehrrend du in ner ISR bist, wenn du da drin natuerlich unnoetig Zeit vertroedelst dann koennen auch mal 2 Interrupts auftreten und dann wird nur auf einen getriggert.
Ich hoffe also das deine ISRs moeglichst kurz sind.
(Extrembeispiel: In der ISR Sachen per UART oder ans LCD ausgeben).
In die IRSs sollte nur das kommen was wirklich notwendig ist, Ausgaben bspw. kann man ueber Flags regeln. Also im Interrupt Flag aktivieren, im normalen Code dann Flag auslesen und reagieren.
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