Es kommt natürlich nicht nur auf die Länge der Ausführung in den Hall-ISRs an, sondern auch auf die restlichen. Wenn zb während des T0 IRQs INT0 und INT1 kommen, dann geht einer verloren. Deine Hall-ISR mit 3Halls x 167Umdr/s x 2Motoren = 1000 IRQs pro sekunde + restliche IRQs sind nicht so wenig, weshalb es nicht unwahrscheinlich ist, wenn es alle paar tausend IRQs zu einer Uberlagerung kommt.
Deswegen schließe ich mich allen an --> nur Flags setzen, wenn möglich!
Gruß