Überprüfst du, wenn du den Pin als Eingang nimmst, auch das Eingangsregister PIND.0 (nicht PORTD.0).
Wenn du immer das ausließt, was du in PortD.0 eingestellt hast, könnte es noch sein, dass du mit Pullup immer High und ohne immer Low hast(hast du die Spannung in deiner Schaltung mal "von Hand" nachgemessen?).
Nochwas: Funktioniert dein Vorgehen mit anderen Pins als dem RXD-Pin?
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