Hm. Soll jetzt nicht bös gemeint sein, aber ich glaube die beste Idee wäre das Ganze in die Tonne zu drücken und von anfang an neu zu beginnen.
Und zwar OHNE den Autorouter.
Weil so... viel Spass beim Ätzen, und ob die Schaltung danach funktioniert ist auch eher mit Glück verbunden.

Warum routest Du die Signale nicht von Hand? Also mittels dem Route-Symbol in der Symbolleiste bei Eagle (Siehst Du das "T"-Symbol, und links daneben den diagonalen Strich? Ein Symbol überm Strich ist das Route-Symbol)
Wenn Du dann das Signal routest, und DABEI dann das Layer änderst, dann baut der da ein Via hin und routet auf der anderen Platinenseite weiter.
Das kannst Du dann im Endeffekt als Lötbrücke nehmen.