(1 << MUX0) | (1 << MUX2) und 0x03 ist nicht dasselbe!

die shft befehle setzen nur den bit 0 und bit 2 und ander bist bleiben wie sie sind, 0x03 setzt jedoch den ganzen port auf 0x03 ohne rücksichtnahme ob er davor bereits eine stellung hatte.

außerdem schreibt man das so im programmcode:
port |= BATTERIE;
port |= (1 << MUX0) | (1 << MUX2); //->Entsteht

port = 0x03; //das | vorm = fehlt. du seihtst hier wird alles