Doch, das liegt wahrscheinlich an den design rules. Wenn dort nämlich vorgegeben ist, das zb die Pads eine Mindestdurchmesser von 2mm haben müssen, du in der lib aber 1mm verwendest, werden die Pads bis auf die Mindestgröße vergrößert.

In Wirklichkeit wird in den designrules nicht der Paddurchmesser definiert, sondern der Restring, also wie viel nach dem Bohren noch stehen bleibt. Hier kann man angeben, wie viel Prozent des Bohrdurchmesser das sein sollen, plus Minimum und Maximum. Du müsstest also das Minimum und evtl die Prozentangabe verringern.