Der Teil hat keinen Einfluss auf die Regelung, er schaltet PGOOD nach kurzer Zeit aktiv, wenn +5V vorhanden und die Regelung nicht am Anschlag "klebt".
In diesem Schaltplan sind mit Sicherheit einige Fehler, es sind schlicht Bauteile so eingezeichnet, dass sie keinen Sinn machen, zB verhindern, dass das Netzteil abgeschaltet werden kann.
Ich habe mir den Schaltplan mit dem 339 nicht angesehen, aber zwei parallel geschaltete OC-Ausgänge sind gemeinhin ein wired OR in negativer Logik, wenn der PNP mit seiner Basis also irgendwie an den Ausgängen hängt, schaltet er durch.
Obligatorischer Hinweis, damit der StA nicht klopft: Und nun bitte den Deckel wieder drauf aufs Netzteil, bei den Fragen ist es etwas gefährlich, zwischen 325V DC (oder sogar an die 400 bei PFC) herumwursteln.