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Wenn das nicht positiv klingt!
Wie hast Du MakeFile verändert, direkt oder durch Änderungen in den Einstellungen des AVR Studio (ich hoffe doch letzteres).
Momentan sehe ich den Fehler leider nicht klar, weil ich nicht weiß, was Du wirklich machst.
Vielleicht wird das hex-File erstellt und durch make clean gleich wieder gelöscht (ich hatte mal so einen Fall), sollte aber im AVR Studio selbst nicht passieren.