Der Timer zählt unabhängig weiter, egal ob er sich im Interrupt befindet oder nicht. Mit diesem Satz ist mir der Knopf aufgegangen!

Wenn der Interrupt in meinem Fall 40ms lang dauert, müsste ich den Timer so zählen lassen, dass der Interrupt in Zeitabständen größer 40ms gestartet wird.
So stört der Interrupt den Programmablauf nicht mehr.

Hab ich es jetzt nun verstanden?

Dankesehr,
Riley