Och, die Möglichkeiten sind sehr vielfältig ...
Hier mal ein paar Ideen:

1. ISP Frequenz zu hoch
2. deine Schaltung verwendet die SPI noch für was anderes
3. Programmer hat ne Macke
4. Kabel ham ne Macke .....
5. Kabel zu lang
6. Außenbeschaltung des ATmega ist murks ...

to be continued