Naja, poste am Besten den gesamten Code.
Die Fehlersuche ist halt am sinnvollsten wenn man ihn bei sich zu Hause einmal durch den Simulator hauen kann um zu sehen was wann und vielleicht sogar auch letztendlich - warum - , passiert...

Interressant wäre auch mal zu erfahren um was für einen Atmel es sich denn eigentlich handelt und wie die Fuses gesetzt sind.