Naja, ich an deiner Stelle würde einfach einmal einen Blick ins Datenblatt werfen. Speziell das Kapitel mit den Timern würde ich mir genauer ansehen.

Anschließend würde ich einen Timermodus wählen, welcher mir eine PWM an einem der dafür vorgesehenen Pins ausgibt und dessen Timer Endwert frei definierbar wäre.

Als Endergebnis hätte zumindest ich einen 40 kHz Rechteckgenerator der guasi so ganz nebenbei auf dem Mikrocontroller läuft.

Naja, zumindest ich würde es so machen ...

Grüße,
Hanni