Du meinst also, zusätzlich zu einem Spannungsregler vor dem Mega sollte ich dann die Transistoren/FETs über einen Gatterbaustein ansteuern. Der Gatterbaustein bekäme auch die 9/12V und würde vom Mega mit 5V angesteuert?
Das wird sicher nicht mit beliebigen Spannungen und allen Gattern gehen. Ideal wären da open-Collektor Ausgänge. Einige TTL Bausteine haben so etwas. Alternativ auch einen zwischengeschalteten NPN Transistor statt dem Gatter.
Aber mal ganz ehrlich: Ich würde da einen fertigen Motortreiber (L 298 oder ähnlich) einsetzen, Du sparst Dir vermutlich einiges an Frust, Zeit und Bauteilen, die aus unerfindlichen Gründen abrauchen.