Nibo geht und geht wieder nicht oder schlecht?
Deine Lötung der Lötpunkte gehen beim Nibo und den UCOM-IR
an den Bauteilen ganz durch die Platine?

Dann mal die Verbindungsseite.

Vom PC über USB-Kabel zu UCOM-IR
(am UCOM-IR ist der Jumper nicht gesteckt)
und mit 6 poligen Wangerstecker und Kabel auf Nibo
(am Nibo sind Jumper gesteckt).

Den Nibo einschalteten und im AVR-Studio unter AVRISP(Programm)
[Erase Devise] und dann HEX-Programm flashen.

Und jetzt ?