Die Frage, welcher Timer mit welchem Prescaler am geeignetsten ist, hängt auch ein Stück weit von der Quarzfrequenz ab. Prescaler/Quarzfrequenz ergibt das Zeitintervall (in Sekunden), das der Zähler für einen Zählschritt braucht. Wenn Du also die 1ms durch dieses Intervall (auch in ms!!) teilst, weißt Du, wie viele Schritte der Zähler in einer Millisekunde hochzählt.

Im Mega8 gibt es 2 Zähler mit 8 Bit, die bis 255 zählen können (Timer 0 und 2) sowei einen 16 Bit-Zähler, der folglich bis 65535 zählen kann (Timer 1). Wenn das Ergebnis aus 0,001s*Quarzfrequenz/Prescaler größer als 255 ist, musst Du den 16-Bit Timer nehmen.

Allens klar? ansonsten lohnt in der Tat die Auseinandersetzung mit den "Output compare"-Registern (Datenblatt!)