dafür brauchst du keinen timer, es sollte auch ungefähr so gehen:

Code:
double entfernung=0 //entfernungsvariable, evtl richt auch ein long oder sogar ein int
//hier ist der normale programmablauf

//jetzt wird der triggerimpuls gegeben

while((PINB & 64)=0);  //64=0b01000000, diese schleife bleibt so lange bis der entfernungsimpuls beginnt aktiv.
while((PINB & 64)=64){ //diese schleife bleibt aktiv während spannung anliegt, in dieser zeit wird eine variable hochgezählt)
entfernung++; //variable wird um eins erhöht
} //schleife ende

//weiterer programmablauf mit auswertung der variable, wert ist größer je weiter entfernt das objekt ist