1/10 der Fälle hiess, dass ich da bei 10x einschalten nur 1x ein Ergebnis hatte.

Mittlerweile hab ich den Fehler gefunden:
Lösung war so "einfach"... DCF-Modul alleine an Stromquelle: Läuft. AVR mit dran: Läuft nicht mehr. Kleinen Kerko an den AVR: ändert nichts. Kleinen Kerko direkt an die Pins vom DCF-Modul: Beide laufen problemlos.
Anscheinend hat der AVR die Stromversorgung so "versaut", dass das DCF-Modul damit nix mehr anfangen konnte/wollte.

Pullup am AVR ist eingeschaltet. Nur musste ich komischerweise das Signal mit nem NPN-Transistor "invertieren". Direkt angeschlossen wuselte der Punkt aufm Oszi nur so bei 4,5-5V herum. Invertiert springt er nun zwischen 5V (Pausen) und 0V (Puls) hin und her.
Neues Demoprogramm in der 1.11.8.7er Bascom-Version klappt nun auch.