Ich glaub es wäre ganz gut, wenn du den Schaltplan hochlädst, dass man sich schonmal Gedanken um den umfang der Änderungen machen kann. Hast du das ganze schon als Eagle Schaltplan? Dann sollte das alles nicht so schwierig sein. Einfach Widerstand löschen und nen neuen 1206er reinklicken, Wert eintragen, fertig. Ähnlich ist das auch mit Atmels und Co. Die sind meistens als ein Symbol mit 2 Bauformen in der Datenbank. Da kannst du den IC im Schaltplan löschen und dann den QFP reinklicken.

Wenn du nicht weiter kommst meld dich einfach, ich helfe gerne ein wenig mit.