Die ISP-Schnittstelle befördert nur digitale Daten, dort sollte man also ohne größere Probleme per Optokoppler vom Potential entkoppeln können. Die eine Seite wird elektrisch vom Programmer versorgt, die andere von deiner Schaltung, nur nix mit den beiden Massen durcheinander bringen, sonst sind die beiden Potentiale doch wieder gekoppelt. Bild  

Das wollte ich mir schon immer angewöhnen, um die Schnittstelle vor Überspannungen zu schützen, bisher siegte die Faulheit, es ist aber zum Glück noch nie was passiert.