Bleistiftminen sind aus ziemlich reinem Kohlenstoff und Ton gepreßt, daher chemisch neutral und schädigen nicht.
Das Problem liegt ganz woanders:

Übergangswiderstand zwischen Boden und elektrode. Wenn die Erde trockener wird oder sehr grob strukturiert ist, liegen nicht definierbare Anzahlen von Bodenkrümeln an der Elektrode an. Das ergibt jedesmal einen anderen Widerstand (in Größenordnungen)

Unedle Metalle wie Alu gehen nur kurze Zeit. Alu bekommt eine Oxidhaut, die irgendwann garnicht mehr leitet. Kupfer ist giftig. silber käme schon in Frage. Gold oder Platin ist die beste Lösung (wird industriell und in der Forschung nur verwendet)

Jede Düngung, wie schon erwähnt, ändert die Bodenleitfähigkeit erheblich. Damit wird ein falscher Wasserversorgungszustand vorgetäuscht.

Pflanzenexsudate (zuckerige oder Eiweißausscheidungen) ändern die Viskosität des Bodenwassers und können die Leitfähigkeit auch stark beeinflussen.

Der Bodenwasserzustand ist NICHT gleich dem Versorgungszustand in der Pflanze

Eine "Kalibrierung" ist nahezu unmöglich

Also sollte man nich allzu große Erwartungen in eine Bodenwiderstandsmessung haben. So als Gag ist das sicher eine Möglichkeit. Um aber eine genauere Steuerung zu bauen ist das ungeeignet. dort müßten die elektroden direkt an der Pflanze angebraucht werden. Diese dürfen die Pflanze nicht schädigen und sollen trotzdem was messen. Eine Kalibrierung erfordert auch einen großen Aufwand und ist von Pflanze zu Pflanze sehr unterschiedlich.
Ich hab mal auf dem Gebiet geforscht und festgestellt, daß eine einigermaßen ordentliche Messung einen ziemlich großen Aufwand erfordert. Das einzige, was einfacher geworden ist, ist die Meßanordnung (z.B. mit µC-Steuerung).