Mir fällt folgendes auf:

Ich kenne den PWM-Controller jetzt nicht, nehme aber an, dass er die 12V gleich an die MOSFETS weitergibt. SOmit sehen die Gates direkt auf die Betriebsspannung. Die darf NIE auch nur kurz über ca. 20V gehn, sonst sind die Fets kaputt. Also ggf. die 12V die zum IC gehn noch filtern, bzw. in der Spannung begrenzen.

2. Die 1N400x bringens nicht, die sind viel zu lahm.
Die sind noch lahmer als die internen Dioden der FETs. Dann kannst du gleich auf die interen Dioden setzen.
Wenn Dioden, dann mind. 3A - Schottky-Dioden.

Wenn die PWM-Frequenz groß genug ist (>10kHz), ist es kein Problem das die FETS den Motor kurzzeitig kurzschließen, im Gegenteil fördert das oft die Regelbarkeit. Bei niedriger PWM-Fequenz (<ca. 1kHz) darfst du die Fest nicht öffnen.

Sigo