so hab jetzt ein bisschen herumgespielt und habs mit avrdude zum laufen gebracht.man muss nur unter werkzeuge den pfad zur avrdude.exe angeben.Als arbeitsverzeichnis nimmt man das Verzeichnis indem das projekt bzw. die Hex-datei liegt.

Als parameter gibt man folgendes an:
-p m32 -e -c AVR911 -Uflash:w:"main.hex" -P com4

hier kommt es drauf an welches Programmierkabel und welchen Mikrocontroller man verwendet.
m32 steht z.B. für den ATmega32, AVR911 ist das myAVR-usb Programmierkabel.
Genauere Infos über die Verschiedenen kürzel stehen im Manual.