wenn deine software für dos ist, dann würd ich sie mal in einer dos-umgebung laufen lassen (also ganz ohne windows), dann sollte der zugriff möglich sein.
oder so: http://www.adontec.com/commex_d.htm
war jetzt nur der erste link, sowas findet man sicher auch als freeware.
selbstgeschriebene software kann mit der inpout32.dll auf die ports zugreifen: http://www.logix4u.net/inpout32.htm

gruesse