Also was mir da nur einfällt als Tipp:
Erhöhe die Anzahl der Zyklen. Ich glaub, 1000 Zyklen sind zu wenig.
Ich würde jeden Zyklus die LED blinken lassen. So kannst du sehen wann ein Zyklus vorbeigeht. Wenn die zu oft blinkt, können starke Messungenauigkeiten auftreten.

Wieso es früher funktioniert hat:
Früher hattest wohl mehr Schleifen, mehr unnötigen Code -> ein Zyklus dauerte länger, wodurch du virtuell die Zyklenzahl grösser hattest.