Hallo!

Welche Pins nutzt du den am Controller? Wenn du Einen Attmega seriell (ISP) proggen willst brauchst du 5 Leitungen

MOSI
MISO
RESET
GND
SCK

Und eine Spannung von 5V

wenn du einen Atmega über TXD,RXD flashen willst, muss der CPU erst einen Bootloader bekommen

Schau mal hier:
http://www.lancos.com/siprogsch.html

da kannst du Schaltpläne finden

Gruß
Jörn