Vielen Dank für die Antwort, bin ein ganzes Stück weitergekommen, hatte jedoch bei der Übertragung zum Controller immer noch ein Problem.

Mein Vorgehen:
Ich habe im Editor eine Programmdatei main.c geschrieben und mit der anschliessenden Zeile in der Dos-Prompt compiliert.

avr-gcc -c -g -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -mmcu=atmega2560 main.c -o main.o

Anschliessend gelinkt:

avr-gcc main.o -Map=main.map,--cref -mmcu=atmega2560 -o main.elf

Dann die elf-Datei ins Intel-Hexformat umgewandelt:

avr-copy -O ihex main.elf main.rom

Und zum Schluss mit AVRDUDE übertragen:

avrdude -p m2560 -c stk200 -U flash:w:main.rom

--> Dann kam folgende Fehlermeldung:
avrdude: AVR device not responding
avrdude: initialization failed, rc=-1
Double check connections and try again, or use -F to override
this check.

Mit -F hat er zumindest in der Prompt die 3 Schritte ausgeführt, aber nichts auf den Käfer geladen. Unter anderem war auch eine Meldung darunter: Invalid device signature.

Du hast gesagt du trägst den Controller manuell im Make-File ein. Wenn ich jedoch vorgehe wie oben beschrieben, dann benötige ich gar nie ein Make-File. Wie ist deine Vorgehensweise?

Könnte ich auch das gesamte Projekt im AVR-Studio entwerfen, welches mir direkt ein Make-File liefert und dieses anschliessend in WinAVR verwenden?

Wäre es allenfalls möglich, dass du ein Make-File von dir posten könntest, damit ich sehe welche Einträge alles notwendig sind?

Vielen Dank! Gruss