Vielleicht den Receiver/Transmitter erst dann aktivieren, wenn die Konfiguration fertig ist und nicht irgendwo mitten drin.

Nach der Umstellung (evtl. zusätzlich vorher) ein Flush des Receive-Buffer (siehe Datenblatt oder Wiki).

Verwendet der Bootloader das U2X? Vielleicht gibt's da ja ein Erratum?