pulsen kann man mit dem Timer des AVR recht gut.
Ist nur ne kleine Rechnung nötig, ausgehend vom verwendeten Quarz des AVR.
Wenn ich linux_80 richtig verstanden habe, pulst du ne Infrarot-LED mit 38kHz. Wenn der Empfänger diese empfängt zieht er auf "GND". Wird der Empfang unterbrochen ist der Ausgang "+V". Das kannst du wiederum mit nem Eingangs-Pin abfragen und weiterverarbeiten. z.B eine Anzeige schalten.