Übliche Beschaltung für den RESET: PullUp 10-20kΩ, 100nF nach GND und Diode von RESET -> VCC.

S1: Wie soll das gehen? Evtl ist's besser, S1 nach GND zu verdrahten. So kannst du beim Einlesen die internen PullUps verwenden (AVRs haben keine PullDowns).