Es gibt bei Schrittmotoren durchaus einige unangenehme Effekte, die sich nicht so leicht greifen lassen.

z.B. Resonanzen. Abhängig von der Last, wie hart die angekoppelt ist, welches Trägheitsmoment das gesamte System aufweist, läuft der Schrittmotor ja nicht konstant durch, sondern schwingt sich gerade bei niedrigeren Frequenzen immer wieder auf eine neue Position=Schritt ein. Es wäre jetz übertieben zu sagen, daß er bei jedem Schritt kurz stehenbleibt, aber der Effekt ist da. Und nun kommt es darauf an, ob der nächste Schritt gerade nach einem Überschwinger oder genau beim Zurückschwingen kommt. So kann es beim Durchlaufen einer Rampe schon weit vor der Grenzfrequenz, an der die Induktivität den Strom und damit das Drehmoment begrenzt, zu einem oder mehreren kritischen Bereichen kommen. Auch bei einem nackten Motor ohne Last. Das heißt, Last unterdimensionieren oder Motor überdimensionieren muß nicht zwingend helfen. Oft bringt einen aber schlicht der Wechsel eines Parameters zufällig aus dem kritischen Bereich heraus.

Frequenzjitter macht sich sehr schlecht, wenn Du zufällig IN einem der kritischen Bereiche bist.

Wenn man sich durch Mikroschritt einer sinusförmigen Ansteuerung annähert, müßten die Resonanzeffekte weniger werden.

Bist Du aktuell bei Vollschritt, 1/2, 1/4, 1/8? Ich dachte die Allegro Treiber gehen sogar bis 64tel... Nachdem Du von der Frequenzgenerierung erst bei 500Hz bist, wirst Du den Motor eher noch nicht mit Mikroschritten betreiben.

Grundsätzlich wäre besser: höhere Grundfrequenz und Mikroschritte. Wenn bei der Frequenzerzeugung Deiner Wahl der Jitter aber dann noch größer wird, hast Du nichts gewonnen.

Effekte bei der Stromregelung im Allegro: Glaube ich eher nicht. Habe ich es denn richtig verstanden, daß die Ansteuerfrequenz für die Schritte 500Hz ist?

Jetzt werden Vermutungen über eine Art Aliasing/Undersampling/Quantelung des eingebrachten Strom-Mittelwerts angestellt, wenn z.B. die interne PWM-Frequenz des Allegro zur Stromregelung 10kHz wäre.
So genau kenne ich mich zwar auch nicht aus. Ich glaube aber, daß der Strom über eine Chopperschaltung (Zweipunktregelung mit nicht festgelegter, aber bestimmt ziemlich schneller Frequenz) geregelt wird. Schließlich wird der Baustein mit (Halb-)Schrittfrequenzen bis zu 6kHz betrieben, da wären 10kHz als feste PWM-Frequenz tatsächlich undenkbar. 500Hz Ansteuerfrequenz müßten jedenfalls noch weit von solchen Effekten weg sein. Das einzige, das den Strom wirklich begrenzt, ist eigentlich fast immer die Induktivität des Motors im Zusammenspiel mit der Leerlaufspannung der Ansteuerung.