Hmm, ich dummes Kind, in dem Shellscript steht eben

java -jar AVR8_Burn_O_Mat.jar

Naja, ich bin leider kein Java Experte, damit kann hier auch nicht helfen, aber hier ist ein Beispiel, wie man die Fuses per dude stellt, vielleicht kannst Du damit was anfangen....

/usr/bin/avrdude -q -u -C /etc/avrdude.conf -p m644 -P /dev/ttyUSB0 -c stk500v2 -E noreset,novcc -U efuse:w:0xFF:m -U hfuse:w:0xD9:m -U lfuse:w:0x62:m