Falls du dich für die RS232 entschieden hast, dann schau mal bei http://support.oyla14.de/ rein. Ich bin auch gerade dabei einen Mikrocontroller über die serielle Schnittstelle anzusprechen und habe dazu ein PC-Interface programmiert.
Die Anwendung läuft mit 3 verschiedenen Threads: Einer für die GUI, je einer zum Lesen und Schreiben auf die serielle Schnittstelle. Zum Beschreiben der RS232 wird einfach eine Zeichenkette übergeben. Du kannst dir somit dein Protokoll selber zusammenstellen. Das Lesen erfolgt automatisch. Sobald ein Zeichen an der seriellen Schnittstelle anliegt. wird es in einen Buffer geschrieben, welcher dann zur weiteren Verarbeitung verwendet werden kann.
Programmiert habe ich das ganze mit Visual C++ 6.