Hallo,

wo hast Du die Defines her, hab das jetzt nicht nachgerechnet mit den Bitmanipulationen, schaut aber erstmal komisch aus

Vor dem ersten einstellen in der Schleife sollte dann wohl auch noch ein ADCchannel_reset stehen, sonst wird immer nur der 2. Kanal gemessen.

Und so wie das ausschaut muss Du jedesmal den Prescaler neu setzen,
aber ich glaub Du musst erstmal in jeder Zeile die Zuweisung der Bits gleich vornehmen, einmal mit einmal ohne | "oder", da kommt alles durcheinander.