Also du wirfst da scheinbar einiges durcheinander.
Die FTDI-Chips (andere Hersteller bieten da auch genug an aber den FTDI nehme ich mal als Synonym) sind nix anderes als Schnittstellen.
Was du da dran hängst ist Latte.
anders ist es bei MC's mit interner USB.
Da ist allenfalls eine Pegelanpassung fällig oder ein kleiner Filter.
Das Ansteuern ist da allerdings eigenarbeit bzw. man nutzt evtl. vorhandene Resourcen des Herstellers.
Dabei zu prüfen ist ob da noch Folgekosten anstehen bzw. welche einschränkungen die freie Variante hat und ob man damit hin kommt.
Was die Sicherheit angeht (Thema: Zerschossener Port) so bist du da auf Eigenleistung verpflichtet.
Eine absicherung des USB ist da schon angeraten.
Meist reicht es das nur der MC am USB hängt und sämtliche Ein und auslaufende Signale galvansich getrennt werden (Koppler.Optisch,Induktiv usw.).
Man kann auch den Bus selber trennen.
Je nachdem was günstiger kommt.
Welche MC-Familie da besser geeignet ist kann ich dir aber nicht beantworten.
Da sag ich mal diplomatisch .........."Kommt auf die Anwendung an"
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